Se formó en la segunda mitad del siglo XIX con documentación proveniente de las cuatro Secretarías de Estado (del Tesoro, de Hacienda, de lo Interior y Relaciones Exteriores, Guerra y Marina), además de otros documentos que se fueron incorporando con el tiempo. Se encuentra dividida en 95 fondos de diferente temática y corresponden a los diversos ramos de la Hacienda Pública y a las distintas Gobernaciones, Ministerios y Secretarías de Estado. A esta Sección se han venido incorporando nuevos fondos, en especial provenientes de los diferentes ministerios. Esta documentación se encuentra comprendida entre los años de 1621-1995 y está organizada de forma cronológicamente irregular.

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Formó parte de la Biblioteca Nacional, transfiriéndose luego al Archivo Nacional en la tercera década del siglo XX. Se encuentra dividida en tres grandes grupos: Sección Archivo Anexo Grupo I (1541-1837) Fondos 33, Legajos 734, con documentación similar a la de la Sección Colonia. Sección Archivo Anexo Grupo II (1626-1957) Fondos 52. Cajas 3.254, integrado por unos 7.600 "paquetes", con documentación proveniente de la Administración central. Llegó al Archivo Nacional hace muchos años, cuando la entidad no contaba con la suficiente infraestructura física y de personal necesaria para su organización. Sin embargo, estos documentos se encuentran en proceso de clasificación. Sección Archivo Anexo Grupo III (1606-1987) Fondos 35 Legajos 3.334, consta de "Libros de Cuentas" de los diferentes ramos de la Real Hacienda. Conservan su empaste original en pergamino y están agrupados bajo el denominador de 29 títulos o materias ordenados alfabéticamente. Entre tales denominaciones encontramos Caminos, Diezmos, Esclavos, Guerra y Marina, Purificaciones, Reales Cédulas. La cronología para esta Sección va de 1541 hasta 1887.

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Se encuentra dividida en dos grandes fondos: Enrique Ortega Ricaurte y Bernardo J. Caicedo. A los que se han anexado los fondos Enrique Pérez Arbeláez y Guido Cora. El primero, está constituido por 131 series, identificadas de manera temática. Ejemplo de ello son: Abastos, Amparo de Pobres, Conventos, Criminales (Asuntos), Fincas, Negros y Esclavos, Secuestros, Miscelánea. La documentación de este fondo se encuentra comprendida entre 1550-1932. El segundo, como el anterior, lo integran series temáticas entre las cuales encontramos Capellanías, Empleos y Servicios, Iglesias, Miscelánea, Tesoros y Excavaciones, Visitas, Las fechas extremas son 1548-1902.

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Esta sección reúne valiosa documentación para la historia de la cartografía, la arquitectura, la heráldica y la genealogía en el país. Algunos mapas y planos elaborados durante los siglos XVI a XIX provienen de diversos estamentos administrativos del Nuevo Reino de Granada, así como de algunos particulares. Estos testimonios gráficos, que en algunos casos eran parte integrante de los expedientes que conforman el acervo documental que custodia el Archivo General de la Nación, fueron desglosados de sus legajos para ser anexados a la Sección Mapas y Planos. Otras piezas cartográficas, donadas por la Biblioteca Nacional, se incluyen en esta Sección. También forma parte de la misma un conjunto de impresos donados por personas particulares y por algunas entidades oficiales (Ministerio de Relaciones Exteriores, Instituto Geográfico Agustín Codazzi), y por empresas comerciales especializadas en la navegación aérea y el turismo. Este material gráfico nos informa acerca de asuntos tales como acueductos, asentamientos, batallas navales, correos, edificios de cajas reales, caminos, canales fluviales y marítimos, fabricación de aguardientes, hospitales, cementerios, colegios, edificios civiles, ejidos, casas de moneda, estancias, ferrocarriles, fronteras, fuertes, genealogías, grupos indígenas, iglesias, ríos, molinos, minas, pueblos, puertos, resguardos, rutas de viaje, salinas, salitres, tabacos, tierras realengas, torres, venta de tierras, villas y volcanes, la documentación presenta un orden cronológico irregular, y se encuentra destruida en ocho mapotecas.

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ANC Índices manuscritos. ANC Índices parciales mecanografiados: Del Tomo No. 1 al No. 7.751 (Protocolos). Del Libro No. 1 al 647 (Libros de Registro de Instrumentos Públicos y Privados. Del Rollo No. 1 al No. 12 (Notaría de Cartagena). Del Libro No. 1 al NO. 858 (Libros de índices notariales de la Richmond Petroleum Company). La ordenación es cronológica regular.

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Los fondos documentales que integran esta agrupación son las entidades públicas del orden nacional, pertenecientes al sector central de la Rama Ejecutiva, los organismos del orden nacional, adscritos o vinculados a los ministerios; departamentos administrativos, unidades administrativas especiales y superintendencias, Territoriales Departamentales, Territoriales Municipales, Legislativos, Judiciales y de Control.

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Los fondos documentales que integran esta agrupación hacen parte de las donaciones y compras realizadas por el AGN, en los cuales se identificó un organismo productor. Dada la diversidad de archivos privados y la necesidad de definirlos con miras a su recuperación, provenientes de Personas, Familias, Empresas, Asociaciones y Fundaciones.

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A finales del año 2000, el Archivo General de la Nación recibió un aporte económico canalizado a través de la Universidad de York del Canadá, para financiar el proyecto “Restauración, Microfilmación y Automatización (digitación y digitalización) del fondo NEGROS Y ESCLAVOS, del Archivo General de la Nación de Colombia”.Estos recursos provenían de las siguientes instituciones: “The Schomburg Center for Research in Black Culture”, Agencia Noruega para el Desarrollo y la Cooperación –NORAD- y la “Deckker Foundation” de Curaçao. Con estos recursos, se desarrollaron los procesos mencionados: restauración de los documentos más afectados, microfilmación de 55 legajos (aproximadamente 55.000 folios) y la digitalización del mismo número de documentos (110.000 imágenes). Cada legajo está compuesto por aproximadamente 1.000 folios, de tal manera que cada uno de los 55 legajos, cuyas fechas extremas están contempladas entre 1553 y 1818, fue llevado a un rollo de microfilm e igualmente a un CD-ROM. Una vez finalizada esta etapa, quedó todo el fondo dispuesto para consulta referencial en la Sala de Investigación, tanto de la base de datos textual como de la base de datos de imágenes. En el año 2002, el Programa “Memoria del Mundo” de UNESCO, otorgó al Archivo General de la Nación una subvención, con el fin de que fuera llevado todo el fondo a una página WEB, adicionando la información que sobre Negros y Esclavos se conservara en los archivos: HISTÓRICO DE ANTIOQUIA (Medellín), CENTRAL DEL CAUCA (Popayán) y REGIONAL DE BOYACÁ (Tunja).

El Archivo General de la Nación presenta a la ciudadanía "Tesoros Documentales", liderado por la Subdirección de Tecnologías de la Información Archivística y Documento Electrónico en conjunto con la Subdirección de Gestión del Patrimonio Documental. Consiste en una estructura tecnológica y organizativa que brinda soporte al modelo de gestión y preservación de la información digital del Archivo General de la Nación y constituye una estrategia institucional para la preservación, salvaguarda, acceso y apropiación del patrimonio documental digital contenido en diferentes recursos de información de valor histórico y cultural. "Tesoros Documentales" es una apuesta hacia el futuro de los archivos digitales, su preservación y acceso a largo plazo; significa un aporte a la construcción de la memoria colectiva de los colombianos.